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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已表现出密切的生态学抗逆性，例如抗恶性肿瘤和身体毒功效。普通，三萜是利用甲羟戊酸手段合并的，并从绿色常绿植物和念珠菌中拆分。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上展现了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的分析论文怎么写。该分析察觉到三萜类化学物质虫草酸（GA）是经过介质液体培训的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生物制品工程转成制造的。经过转录组和蛋清质组学科技进三步研究无柄野生灵芝粉菌丝体中DHT制造两种类型野生灵芝粉酸（GA）的机能，并按照其几组学科技加测到的一定的距离人类基因和一定的距离蛋清，预测出DHT 生物制品工程分解成 GA 的有效途径。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录混合物析和性能定义

按照对无柄灵芝粉真菌孢子菌丝体确定转录组测序共拥有67230个转录本和142915个单人类人类基因遗传。在这样的单人类人类基因遗传中，49两个被鉴定会为差异性抒发方法人类人类基因遗传（DEGs），在另外213个抒发方法上浮，279个抒发方法变动（图1A）。GO丰度定量剖析后，DEGs有生态学的阶段（BP）、上皮细胞系的成分（CC）和原子核模块（MF）3类。在BP等级分类中，会出现了前二个子等级分类：抗菌素转化排泄的阶段，冰醋酸盐排泄的阶段和甲酸盐排泄的阶段 ;而在CC等级分类中，上皮细胞系外区、突触分手后复合体、突触格局是前二个亚类。相对MF等级分类，甲酸脱氢酶（NAD）抗逆性、氧化的恢复酶抗逆性和酸氨（或酰胺）接入酶抗逆性是前二个亚等级分类（图1B）。在DEGs的KEGG径路定量剖析中，前30条丰度度最多的径路中含27条属排泄，在另外丁烷排泄、乙醛酸盐和二羧酸盐排泄、丙酸盐排泄数据信息径路取得丰度（图1D）。

图1|转录多组分析和功能性定义

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

完成对无柄野生灵芝真菌孢子菌丝体做出核淀粉酶酶质含量组学浅析，加起来判定了16,457种特有肽、2606种核淀粉酶酶质含量和2588种化学发光法核淀粉酶酶质含量。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的需求标准下，在这些2606种核淀粉酶酶质含量中，94种被监定为性别不一致性表示核淀粉酶酶（DEPs），中仅的52种上涨，42种下跌（图2A），图2C信息展示了性别不一致性表示核淀粉酶酶的聚类深入解析浅析热图。从GO浅析你看，BP类目信息展示，大都数DEPs参于冰醋酸盐转化新陈神经細胞分泌环节、抗菌素转化转化新陈神经細胞分泌环节和类药物转化转化新陈神经細胞分泌环节。CC类DEPs在神经細胞外区、过脱色反应物酶体和微体中比率极高，脱色反应重现酶可溶性和甲酸脱氢酶（NAD）可溶性在MF类中DEPs的身材比例极高（图2B）。与转录组后果似的，KEGG通道浅析信息展示，成千上万DEPs在转化新陈神经細胞分泌中丰度，中仅的3条最丰度的路径是光合生态学中的碳固定的、碳转化新陈神经細胞分泌和MAPK4g信号通道（图2D）。然而，完成浅析GO数值库的CC对DEPs做出亚神经細胞品牌定位浅析和引用（图2E），DEPs其主要分散在神经細胞质（40.66%）、神经細胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），学说上是GAs生态学结合的其主要方位。

图2|核苷酸质组的降钙素原检测分折和实用功能手机验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

过活物和转化了和照表组获选DEGs和DEPs做了维恩图，有20个文化差异表示DNA组（图3A）。对转录组和核核苷酸组中E组和C组就有的DEGs/DEPs使用聚类讲解讲解，出现mRNA和核核苷酸彼此有19个上涨DNA组和9个上涨DNA组，DEGs两者翻译资料的DEPs表示质量呈正关联，基本概念Pearson的关联因子讲解，在转录组和核核苷酸组彼此探测到相对应较高的关联性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）测试但是表明，E组和C组19个DEGs的展现方法总体水平之间的关系正相关，在这其中9个为调整DEGs，8个为降低DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的展现方法浪潮与转录酚类化合物析但是同一。

图3|核蛋白质含量组的降钙素原检测了解和模块查验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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